Integrovaný regionální operační program (IROP) navazuje na sedm regionálních operačních programů a částečně na Integrovaný operační program z programového období 2007–2013. Prioritou IROPu je umožnění vyváženého rozvoje území, zkvalitnění infrastruktury, zlepšení veřejných služeb a veřejné správy a zajištění udržitelného rozvoje v obcích, městech a regionech.
Smyslem OPTP 2014-2020 je role podpůrného charakteru. Zaměřuje se na nastavení takového prostředí pro implementaci Dohody o partnerství a tematických operačních programů, které umožní a zjednoduší dosažení stanovených cílů. Nastavení OPTP vychází ze základního předpokladu, kterým je existence centrálního koordinátora a kvalitního, jednotného řízení a koordinace Dohody o partnerství, dostupného jednotného monitorovacího systému a zajištění vysokého standardu administrativní kapacity. OPTP 2014-2020 má tedy umožnit a usnadnit čerpání a především zajistit efektivní využití finančních prostředků.
Programy jsou zaměřeny na podporu spolupráce na přeshraniční, meziregionální a nadnárodní úrovni při dosažení cíle odstranění stávajících bariér ekonomického rozvoje, posílení sociální a územní soudržnosti území a nalezení společného řešení společných problémů mezi sousedními zeměmi a regiony. Ministerstvo je přímo řídícím orgánem pěti Operačních orgánů Přeshraniční spolupráce.