Většina nesprávností vznikla rozdílným výkladem účetního standardu (způsobu zaúčtování)  transferů peněz z Evropské unie na straně MMR a na straně NKÚ, kdy sám NKÚ tento rozdílný výklad připouští. Ministerstvo však není tvůrcem těchto předpisů, proto v této souvislosti požádalo o závazný výklad Ministerstvo financí, tak, aby došlo k metodickému sjednocení obou rozdílných výkladů.  Výtka ze strany NKÚ má tedy výlučně charakter metodický. Z věcného hlediska veškeré finanční toky účetnictvím prošly, byly jím zachyceny a mohou v něm být do haléře dohledány.
 
Ve věci poskytování záštit zahájil finanční úřad kontrolu na MMR v pondělí 28. 4. 2014. Ta nebyla dosud uzavřena. Systém poskytování záštit byl nastaven předchozím vedením ministerstva a dnes je již zásadně přehodnocen.