Ministerstvo pro místní rozvoj (MMR) se závěry Nejvyššího kontrolního úřadu  (NKU) nesouhlasí, neboť nedošlo k žádnému porušení zákona č. 137/2006 Sb. o veřejných zakázkách (ZVZ), zákona č. 139/2006 Sb., o koncesních smlouvách a koncesním řízení (KZ) a zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole. Ministerstvo je přesvědčeno, že případné následné prověření jeho činnosti před Úřadem pro ochranu hospodářské soutěže či příslušným finančním úřadem potvrdí stanovisko MMR proti závěrům NKU a prokáže, že jednání ministerstva bylo v souladu s platnými právními předpisy ČR.
 
Účelem provozu e-tržišť je zejména zvýšení transparentnosti zadávání veřejných zakázek malého rozsahu, které do zahájení provozu e-tržišť nebyly nikde evidovány. Tím, že jsou v současné době zakázky malého rozsahu zadávány prostřednictvím e-tržišť, došlo k podstatnému zvýšení jejich transparentnosti. Podle průzkumu, který ministerstvo provedlo, neznamená pro zadavatele zadávání veřejných zakázek prostřednictvím e-tržišť navýšení administrativní zátěže, znamená však pro ně finanční úsporu a zvýšení transparentnosti zadávání veřejných zakázek malého rozsahu.
 
Stanovit sankce subjektům používajícím e-tržiště je možné pouze na základě zákona, a to k povinnostem stanoveným zákonem. Ministerstvo novelu ZVZ k povinnému používání e-tržišť a k zavedení kontrolního a sankčního mechanismu u e-tržišť připravilo v souvislosti s transparentní a následně technickou novelou. Nicméně v rámci legislativního procesu nebyly tyto novelizační body tehdejší politickou reprezentací akceptovány. Jiná možnost pro stanovení povinného používání e-tržišť než forma usnesení vlády tak nebyla k dispozici.
 
Ministerstvo při odhadech případných úspor používáním e-tržišť vycházelo z odhadů počtu zakázek malého rozsahu podle zadávání veřejných zakázek na MMR, protože neexistovaly žádné relevantní informace o počtu zadávaných veřejných zakázek malého rozsahu. Ministerstvo současně předpokládalo rozsáhlejší používání e-tržišť zadavateli, pro které není používání e-tržišť povinné, k čemuž však nedošlo. Je však nesporné a kontrola NKÚ to prokázala, že provozování e-tržišť přineslo pro státní rozpočet podstatnou úsporu v řádech stamilionů korun českých. MMR nadále prosazuje rozšiřování povinného používání e-tržišť na další kategorie zadavatelů, čímž dosahované úspory dále vzrostou směrem k původně odhadované výši.
 
Samotné vybudování e-tržišť zcela hradili na základě uzavřených koncesních smluv jejich provozovatelé.  Ministerstvo hradilo pouze náklady spojené s vytvořením technické specifikace e-tržišť a s metodickou podporou subjektům účastnících se na zadávání veřejných zakázek prostřednictvím e-tržišť. Náklady na tyto práce však rozhodně nedosáhly výše uváděné NKÚ.
 
NKÚ vyslovil závěr, že v rámci celého procesu uzavírání koncesních smluv došlo k porušení ZVZ a KZ tím, že došlo k účelovému snížení předpokládaných hodnot veřejných zakázek týkajících se metodické podpory při uzavírání koncesních smluv a vytváření koncesní dokumentace. Předmětné veřejné zakázky však spolu ve smyslu obou zákonů nijak nesouvisely, proto nemohlo dojít k zákonnému porušení.
 
Závěry v oblasti vedení dokumentace a archivování považuje ministerstvo za dílčí a přijalo příslušná nápravná opatření. Nové vedení zpracovává podrobnou analýzu a s ohledem na získané zkušenosti vidí jasně převažující pozitiva. Vzhledem k měnícím se potřebám na trhu počítá pro další rozvoj tržišť s možnou flexibilní úpravou parametrů. Vedení ministerstva je přesvědčeno, že tyto elektronické nástroje jsou nezbytné.