Monitorovací systém pro zajištění čerpání finančních prostředků z fondů EU v rámci programového období 2007 - 2013 byl pořízen postupným rozšiřováním původního monitorovacího systému pořízeného v minulém období 2004 - 2006. Jeho strukturu tvoří tři moduly: 

• modul MSC2007 zajišťuje centrální věcný a finanční monitoring programů a projektů spolufinancovaných z fondů EU. MSC2007 vznikl postupnou úpravou modulu MSSF-CENTRAL pořízeného pro období 2004 - 2006 vroce 2001, 

• modul MONIT7+ monitoruje projekty po celou dobu jejich existence. Modul MONIT7+ vznikl postupnou úpravou původního modulu MONIT pořízeného pro období 2004 - 2006 vroce 2001, 

• modul BENEFIT7 je webovou aplikací žadatele pro vyplňování projektových žádostí a žádostí o platbu. Modul BENEFIT7 vznikl vroce 2001 pro období 2004 - 2006.

 K pořízení MSSF-CENTRAL (postupně upraveného na dnešní MSC2007) v roce 2001 však došlo v rozporu se zákonem, neboť při výběru dodavatele byl porušen tehdejší zákon o zadávání veřejných zakázek. Tuto skutečnost konstatoval NKÚ v roce 2003 a ÚOHS ji svým rozhodnutím v roce 2004 potvrdil. „I přes tuto právní vadu však monitorovací systém funguje. Na základě posledních jednání bude v následujících dnech tato právní vada odstraněna," uvedl ministr Cyril Svoboda.

 Náklady spojené s rozvojem, provozem a údržbou monitorovacího systému v rámci programového období 2007 - 2013 činí téměř 300 mil. Kč. Vzhledem k právní vadě, kterou bylo ztíženo pořízení MSSF-CENTRAL, nebyly a dosud nejsou prostředky vynakládané na zajištění provozu monitorovacího systému hrazeny z fondů EU.

 Ministerstvo pro místní rozvoj navrhlo k odstranění právní vady části monitorovacího systému tato opatření:

1. V úterý 24.3.2009 byla podepsána smlouva, na jejímž základě bude zajištěn nezbytný rozvoj, servis a údržba MSSF-CENTRAL a MSC2007 přechodně do 31.8.2009.

  2. Ministerstvo je těsně před uzavřením dohody o narovnání s dodavateli MSSF-CENTRAL a MSC2007 - společnostmi TESCO SW a S&T CZ.

 3. MMR hodlá získat oprávnění k užívání MSSF-CENTRAL a MSC2007. Termín předání nabídky na poskytnutí licence (oprávnění k užívání) je pátek 27.3.2009. Na cenu licence si MMR nechalo zpracovat znalecký posudek a bude od ní odečtena částka, kterou v minulosti MMR za vývoj systému již uhradilo.

 4. Jako konečné řešení zadat veřejnou zakázku na pořízení hlavní části monitorovacího systému, která zajistí funkčnost minimálně v rozsahu MSSF-CENTRAL a MSC2007, ale hlavně jejich další rozvoj. Je třeba vycházet ze skutečnosti, že za funkční lze považovat jen takový monitorovací systém, který úspěšně projde auditem Evropské komise. Předběžné oznámení na zadání této veřejné zakázky již bylo zveřejněno na www.isvzus.cz.

 „Stav současného monitorovacího systému čerpání evropských fondů neohrožuje využití finančních prostředků, které má Česko od EU k dispozici na rozpočtové období 2007 - 2013. Proplácení projektů podaných žadateli o evropskou podporu není ohroženo a prostředky k jejich realizaci jsou připraveny. Otázka odstranění právních vad části monitorovacího systému je nejvyšší prioritou MMR," dodal ministr Svoboda.