Jednání se dále zúčastnili nominovaní vedoucí zástupci českých krajů a slovenských samosprávných krajů sdílejících společnou státní  hranici, zástupci euroregionů a resortů, jejichž problematika se na jednání komise probírala.

Projednávané body zasedání se týkaly spolupráce v oblasti životního prostředí a ochrany přírody. Komise pozitivně zhodnotila spolupráci obou zemí v této oblasti, zvlášť ochrany přírody na regionální úrovni Správ chráněných krajinných oblastí Bílé-Biele Karpaty, Beskydy-Kysuce, Záhorie-Pálava. Komise také ocenila spolupráci Jihomoravského kraje a Trnavského samosprávního kraje, která vychází z jejich Dohody o partnerství a to jak ve formální, tak i v neformální poloze.

Na zasedání byla dále prezentována Studie rozvoje česko-slovenského příhraničního území, jejímž cílem bylo zmapování tohoto území a návrh na společné projekty, což  v budoucnu poslouží státní správě a samosprávě na obou stranách hranice. Komise také vzala na vědomí iniciativy uskutečněné slovenskou stranou  k urychlení prací  na smluvním vypořádání vlastnických vztahů na ČR-SR hranici v souvislosti s investičními akcemi  k prodloužení vodní cesty Baťův kanál až po řeku Moravu.

V rámci mezivládní komise se dále vytvořila pracovní podskupiny pro cestovní ruch. Podskupina bude sledovat zejména využívání finančních prostředků z Evropského fondu regionálního rozvoje na společné projekty, výměnu, porovnání a analýzu strategických dokumentů.

Na závěr byly předloženy aktuální informace k evropským dotačním programům, tj. k právě ukončovanému Operačnímu programu přeshraniční spolupráce SR-ČR INTERREG IIIA 2004-2006 a probíhajícímu Operačnímu programu přeshraniční spolupráce Cíle 3 období 2007-2013.