Ministerstvo pro místní rozvoj spravuje několik národních programů. Jedná se o programy Podpora úprav bývalých vojenských areálů k obecnímu využití (v letošním roce je na jeho realizaci vyčleněno 130 mil. Kč), Program obnovy venkova (106 mil. Kč), Obnova obecního a krajského majetku postiženého živelní nebo jinou pohromou (301 mil. Kč) a Podpora obnovy a rozvoje města Terezín (9 mil. Kč). Program obnovy venkova zahrnuje tři dotační tituly: Podpora vítězů soutěže Vesnice roku 2008, Podpora zapojení dětí a mládeže do komunitního života v obci a Podpora spolupráce obcí na obnově a rozvoji venkova.

Ministerstvo má rovněž ve své gesci několik operačních programů EU. Jedná se o Integrovaný operační program, jehož cílem je mimo jiné zvýšení efektivity a zlepšení dostupnosti služeb veřejné správy pomocí nových informačních technologií, zlepšení prostředí v problémových sídlištích nebo podpora cestovního ruchu a kulturního dědictví. Další oblastí podpory jsou Operační programy přeshraniční spolupráce, na něž je z evropských fondů vyčleněno 351 mil. EUR.

MMR dále poskytuje obcím konzultační činnost a pořádá semináře na téma zpeněžení obecního majetku formou veřejných dražeb. Cílem této činnosti je pomoc obcím s efektivním a průhledným prodejem majetku.

V oblasti podpory bydlení se ministerstvo soustředí především na regeneraci panelových sídlišť, podporu výstavby technické infrastruktury a výstavbu nájemných bytů pro osoby v nepříznivé sociální situaci. V letošním roce je na tyto účely vyčleněno celkově 311 mil. Kč.