Nejvyšším orgánem zodpovědným za konkrétní operační program (OP) je vždy příslušný tzv. „Řídící orgán“. V případě regionálních operačních programů (ROP) jsou řídícími orgány „Regionální rady“. Ty jsou sestaveny příslušnými krajskými zastupitelstvy.

Řídící orgán před zahájením poskytování podpory samostatně předkládá Evropské komisi a sám obhajuje svůj systém rozhodování, který se nazývá „Řídící a kontrolní systém“ (ŘKS).  Kontrolu toho, že se postupuje podle ŘKS provádí na národní (vnitrostátní) úrovni  Ministerstvo financí, případně Nejvyšší kontrolní úřad a  na úrovni evropské pak Evropská komise, případně Evropský účetní dvůr.

MMR je ve vztahu ke všem operačním programům pouze v pozici metodického zastřešujícího orgánu. Vydává metodickou dokumentaci, která je společná pro všechny OP. Metodika, jako obecná směrnice, je sice závazná pro řídicí orgány, ale nezabývá se výběrem projektů, ani kontrolou. Druhým vztahem Regionálních rad k MMR je zprostředkování finančních zdrojů ze státního rozpočtu ČR na financování konkrétních projektů.

Poznámka pro média
Ministerstvo pro místní rozvoj ČR (MMR ČR) patří do systému ústředních orgánů státní správy České republiky v oblastech, vymezených příslušnými právními dokumenty. Objemem svých pravomocí, kompetencí a odpovědností za správu finančních prostředků hraje ve státní správě významnou roli. Ministerstvo bylo zřízeno s účinností od 1. listopadu 1996 a je ústředním orgánem státní správy ve věcech: regionální politiky, politiky bydlení, rozvoje domovního a bytového fondu, nájmu bytů a nebytových prostor, územního plánování, stavebního řádu, vyvlastnění, investiční politiky, cestovního ruchu, pohřebnictví. MMR ČR vykonává roli Národního orgánu pro koordinaci (NOK) pro čerpání finančních prostředků z fondů Evropské unie a také je řídícím orgánem několika operačních programů. Více na www.mmr.cz.