V roce 1990 působil jako ústřední tajemník Československé sociální demokracie. V letech 1991 - 1998 podnikal v oblasti ekonomického poradenství, spolupracoval zejména s drobnými a středními podnikateli. V listopadu 1998 zvolen do funkce náměstka primátora hl.m. Prahy pro finanční politiku.

Jiří Paroubek je členem Zastupitelstva hl.m. Prahy. V letech 2002 - 2003, po povodni v srpnu 2002, se jako náměstek primátora pro finance významně podílel na koncentraci finančních zdrojů nezbytných k odstranění povodňových škod na majetku města v rozsahu 15 mld. Kč.

Jako sociální demokrat řídí Jiří Paroubek vydávání politické revue TREND. Kromě tohoto časopisu se jeho články a komentáře k aktuálním problémům země v posledních letech objevují na stránkách předních českých deníků.

Jiří Paroubek je předsedou obvodní organizace ČSSD v Praze 5, členem Ústředního výboru ČSSD a předsedou Pražského klubu zastupitelů za ČSSD. Hovoří anglicky a německy, pasivně používá ruštinu.