Z vyjádření MMR vyplývá, že pověřený auditní subjekt (PAS) byl sice začleněný v organizační struktuře MMR, nicméně byl přímo podřízen ministrovi pro místní rozvoj a byl na ŘO ( řídící orgán) IOP zcela nezávislý. Věcně a metodicky byl PAS řízen ministerstvem financí – odborem Auditní orgán. Od 1.1.2013 budou všechny pověřené auditní subjekty subjekty zrušeny a za veškerou auditní činnost u operačních programů bude odpovědný Auditní orgán (Ministerstvo financí), což je součástí tzv. Akčního plánu dohodnutého letos na jaře s Evropskou komisí.

Nastavení monitorovacích indikátorů:
Ke sledování plnění cílů jednotlivých oblastí intervencí IOP z pohledu hospodárnosti, efektivnosti a účelnosti slouží i jiné nástroje, než monitorovací indikátory, jejichž naplnění bude na úrovni programu vyhodnocováno až na konci roku 2015. Na úrovni projektů k těmto nástrojům, ve kterých je zohledněna efektivnost, hospodárnost a účelnost vynakládaných veřejných prostředků, patří např. nastavení kritérií při hodnocení kvality projektu, kontrola přijatelnosti projektu, analýzy rizik, kontroly na místě, kontroly žádostí o platbu, kontroly výběrových a zadávacích řízení. Výdaje, které kontrola odhalí jako nezpůsobilé z hlediska hospodárnosti, efektivnosti a účelnosti, jsou kráceny.

Problematika veřejné podpory: 
Toto bylo řešeno ve spolupráci s Ministerstvem kultury ČR již při přípravě programu, resp. dotčené oblasti intervence a možnost notifikace byla konzultována se zástupci Evropské komise. ŘO IOP a Ministerstvo kultury ČR přijalo pro eliminaci tohoto rizika řadu preventivních opatření, mj. právě zesílený monitoring a kontrolu projektů, zpracování nezávislých odborných posudků již ve fázi před rozhodnutím o poskytnutí dotace a také před ukončením realizace projektů. Notifikace veřejné podpory je pouze jedním (nikoliv jediným) způsobem řešení této problematiky a do současné doby se stále jedná pouze o riziko poskytnutí nedovolené veřejné podpory, které nebylo finálně u žádného projektu potvrzeno. Vzhledem k tomu, že v současné době je již téměř celá alokace oblasti intervence 5.1 IOP pokryta vydanými Rozhodnutími o poskytnutí dotace a většina projektů je v realizaci, ŘO IOP nepřistoupí k notifikaci, neboť by mohlo dojít k vážnému ohrožení naplnění alokace, pozastavení realizace projektů a ztrátě prostředků v této oblasti intervence.

ŘO IOP nesouhlasí se zjištěním NKÚ, dle kterého byly neoprávněně poskytnuty prostředky na opravu nemovitostí, které nebyly na seznamu UNESCO případně na seznamu národních kulturních památek. Stěžejním předmětem každého projektu byla renovace památky zapsané na seznamech UNESCO nebo národních kulturních památek. Doplňkově v těchto projektech mohly být poskytnuty prostředky i na opravu jiných nemovitostí za předpokladu, že jejich oprava je nezbytná pro splnění hlavního cíle a účelu projektu (např. opravy budovy pro zajištění technologického zázemí hlavní kulturní památky), případně v této budově probíhaly aktivity nezbytné pro dosažení cíle a účelu projektu. Zároveň musely být tyto budovy umístěny v téže památkové zóně, rezervaci nebo ochranném pásmu jako hlavní kulturní památka. Dle ŘO IOP byl dodržen cíl této oblasti intervence, tzn. obnova a využití památkových objektů či souborů zapsaných na seznam UNESCO nebo seznam národních kulturních památek, a s vyčíslením neoprávněně použitých prostředků ve výši 185,4 mil. Kč nesouhlasí.

Kontrolou zjištěná dílčí pochybení u příjemců dotace, zejména v oblasti zadávání veřejných zakázek, bude ŘO IOP ve spolupráci s Ministerstvem kultury ČR řešit standardními postupy v rámci řešení nesrovnalostí. V případě, že podezření potvrdí příslušný finanční úřad, přijme ŘO IOP ve spolupráci s Ministerstvem kultury ČR opatření k zamezení jejich opakování.