Neformální vyjednávání o Dohodě o partnerství probíhají již celý rok. Základní zaměření je již s Evropskou komisí dojednáno, otevřených na národní úrovni zůstává jen několik politických otázek, jakými jsou například služební zákon. ČR je v postupu pozitivně hodnocena nejenom nezávislým hodnotitelem, ale i Organizací pro hospodářskou spolupráci a rozvoj (tzv. OECD).
 
Podle Daniela Brauna, náměstka MMR pro evropské fondy, došlo pro nové období k několika zásadním změnám. „Struktura cílů a programů je jednodušší, jasnější pro příjemce, méně náchylná k rizikům. Do administrace by mělo být zapojeno méně institucí, je sjednocena metodika a místo současných tří informačních systémů bude jeden, vysoutěžený v otevřeném řízení, který umožní snížení administrativní zátěže, plnou elektronizaci a vyšší transparentnost.“
 
Braun však vidí i rizika. Za ta největší považuje dokončení strategických dokumentů: „Stále nejsou připravené všechny strategické dokumenty, které by měly zastřešit cíle, kterých chceme pomocí programů dosáhnout. Ačkoli se počet priorit a cílů už snížil, bude potřeba ještě dál v některých zúžit zaměření programů. Rizikem je také nesplnění předběžných podmínek jako služební zákon, EIA a další možné nesoulady s evropským právem.“
 
Limitujícím faktorem je podle Brauna i to, že evropská legislativa, od které se odvíjí vyjednávání a zahájení programů, byla schválena velmi pozdě a stále chybí některé prováděcí předpisy. Čeká se také na vyjasnění určitých otázek k výkladu některých oblastí, např. za jakých podmínek půjde financovat investice v Praze s celostátním významem. Novým komplikujícím faktorem se může ukázat také veřejná podpora.
 
Evropská komise nechce financovat například vnitrozemskou vodní dopravu, naopak požaduje větší zaměření na železnice. „To je z českého pohledu problematické, protože komise zároveň omezuje pravidla využití nástroje pro podporu velkých infrastruktur (tzv. CEF). Dále je potřeba vyřešit EIA a stanovit způsob regulace vodohospodářského sektoru. V oblasti životního prostředí bude nezbytné více reflektovat zkušenosti ze současného programového období,“ řekl Braun.
 
Komise má také odmítavý postoj k podpoře velkých podniků. Pro ČR je sice důležité zaměřit se na malé střední podniky, ale v některých oblastech je v průmyslové struktuře vhodné zachovat možnost podpory všech typů podniků. Předmětem debat bude také omezení podpory silniční sítě druhé a třetí třídy.