Výsledky kontroly u MMR a Centra pro regionální rozvoj ČR neprokázaly žádné závažné problémy, které by se týkaly transparentního či řádného fungování operačního programu. U příjemců bylo kontrolou odhaleno pouze dílčí pochybení, nicméně objem kontrolou NKÚ identifikovaných nezpůsobilých výdajů je na úrovni 0,3 % z objemu všech kontrolovaných výdajů.
 
V nastavení a účinnost řídícího a kontrolního systému, byly při kontrole na MMR indikovány některé nedostatky týkající se například nesprávně vedených údajů v informačním systému CEDR III, shledání rizika možné netransparentnosti a diskriminace v procesu schvalování projektů monitorovacím výborem, nedostatečné podrobnosti některých kritérií hodnocení, nedostatečného pokrytí některých specifických cílů monitorovacími indikátory atd.
 
Podle názoru MMR se nejedná ani v jednom případě o závažné pochybení, které by mělo vliv na systém implementace operačního programu. U pochybení „shledání rizika možné netransparentnosti a diskriminace v procesu schvalování projektů monitorovacím výborem“, které se zdá dle názvu jako nejzávažnější, nejde v žádném případě o netransparentnost a diskriminaci, jak je v kontrolním nálezu uváděno.
 
Operační program prošel bez závažných zjištění kontrolou auditního orgánu v úvodu jeho realizace, ze strany auditorů bylo tedy schváleno jeho nastavení, které NKÚ ve svých některých nálezech kritizuje. V souhrnu lze říci, že se ze strany NKÚ jedná o nálezy, které nemají dopad na transparentnost či řádné fungování operačního programu. U některých nálezů již došlo v průběhu implementace programu k jejich odstranění. Výsledky kontroly jsou a budou vzaty v potaz při přípravě nového operačního programu pro období 2014 – 2020, kde MMR i nadále působí v roli řídícího orgánu.
 
Operační program přeshraniční spolupráce Česká republika – Polská republika 2007–2013 se po celou dobu realizace drží mezi třemi nejlepšími programy v rámci přeshraničních programů v Evropě, co do objemu proplacených výdajů příjemcům.