Auditní činnost v oblasti naplňování cílů stanovených v Národním strategickém referenčním rámci (NSRR), spočívající zejména v ověřování účinného fungování řídícího a kontrolního systému jednotlivých operačních programů financovaných z rozpočtu Evropské unie, je na úrovni České republiky svěřena Auditnímu orgánu. Výkonem funkce Auditního orgánu je pověřeno Ministerstvo financí ČR.
 
Oblasti týkající se řídících a kontrolních systémů byla v průběhu minulého roku věnována stěžejní pozornost jak ze strany Ministerstva pro místní rozvoj ČR vystupujícího v roli Národního orgánu pro koordinaci, tak ze strany ostatních subjektů zapojených do implementační struktury NSRR, a to prostřednictvím plnění opatření stanovených v Akčním plánu pro zlepšení systému řízení a kontroly v rámci strukturálních fondů a Fondu soudržnosti v ČR. Akční plán byl vypracován ve spolupráci s Evropskou komisí, přičemž jednotlivá opatření byla ze strany České republiky splněna ve stanovených termínech. Evropská komise následně akceptovala veškerá přijatá opatření, z čehož vyplývá, že současné nastavení a fungování řídících a kontrolních systémů je v souladu nejen s požadavky Evropské komise, ale i relevantní legislativou jak na vnitrostátní, tak na evropské úrovni.