MMR pravidelně monitoruje situaci v jednotlivých programech a v těch, které se potýkají s problémy, zavádí systém zesíleného řízení rizik. Tento nástroj je oceňován i Evropskou komisí jako příklad dobré praxe. Pan Špidla upozorňuje na špatnou situaci v programu Věda a výzkum pro inovace (správně Výzkum a vývoj pro inovace). Zde je potřeba uvést jeho prohlášení do kontextu. Program je čerpán zejména tzv. velkými projekty, což jsou projekty nad 50 mil €, které podléhají speciálnímu režimu schvalováná Evropskou komisí. Kromě toho mají i specifický výpočet naplnění pravidla n+3. Tento program dosáhne na požadovanou kontrolní hranici a ani zde nedojde v roce 2011 ke ztrátě prostředků.

Pokud jde o přesuny prostředků mezi programy, už na jaře tohoto roku MMR předložilo vládě návrh na takovou změnu a Evropská komise již s vládou schváleným návrhem vyslovila souhlas.