Operační programy řízené ministerstvem
Integrovaný operační program je zaměřený na řešení společných regionálních problémů v oblastech infrastruktury pro veřejnou správu, veřejné služby a územní rozvoj: rozvoj informačních technologií ve veřejné správě, zlepšování infrastruktury pro oblast sociálních služeb, veřejného zdraví, služeb zaměstnanosti a služeb v oblasti bezpečnosti, prevence a řešení rizik, podporu cestovního ruchu, kulturního dědictví, zlepšování prostředí na sídlištích a rozvoj systémů tvorby územních politik.
Operační program Technická pomoc je určen k podpoře jednotného přístupu na národní úrovni pro zajištění aktivit efektivního řízení, kontroly, sledování a vyhodnocování realizace Národního strategického referenčního rámce, který zastřešuje aktivity politiky hospodářské a sociální soudržnosti v ČR v letech 2007—2013.
Programy jsou zaměřeny na podporu spolupráce na přeshraniční, meziregionální a nadnárodní úrovni při dosažení cíle odstranění stávajících bariér ekonomického rozvoje, posílení sociální a územní soudržnosti území a nalezení společného řešení společných problémů mezi sousedními zeměmi a regiony. Ministerstvo je přímo řídícím orgánem
Operačního programu Přeshraniční spolupráce Česká republika - Polská republika 2007—2013, který obsahuje podporu posilování dostupnosti, ochranu životního prostředí a prevence rizik, zlepšení podmínek pro rozvoj podnikatelského prostředí a cestovního ruchu, podporu spolupráce místních společenství a technickou pomoc.